Synopsis : Une équipe d'agents spéciaux du Naval Criminal Investigative Service (N.C.I.S) enquêtent indépendamment de la hiérarchie militaire sur des crimes liés à la Navy et au corps des marines...

NCIS: Enquêtes spéciales est un spin-off de JAG. Je n'ai rien vu, je ne verrai pas. Pas le temps de tout regarder, faut quand même faire des choix ! Mais les avis que je peux lire ont l'air vraiment bons.

NCIS: Enquêtes Spéciales est un spin-off de JAG. Le double-épisode (20-21) de la saison 8 de JAG sert de pilote à la série. Les personnages de la série dérivée y sont introduits ! De même, NCIS: Los Angeles sera un spin-off de NCIS: Enquêtes spéciales !

Beaucoup de références sont faites dans NCIS à son célébrissime créateur Donald P. Bellisario. DiNozzo (Michael Weatherly) cite Supercopter et Magnum comme ses deux séries préférées : ces deux mythiques séries ont été créées par Bellisario. De plus, dans le bureau du NCIS, un mur entier est consacré aux criminels les plus recherchés du service et dans cette liste figure une photo de Donald P. Bellisario !

Au début de chaque générique, on voit un super-porte-avions américain passer sous un pont suspendu. Il s'agit d'une séquence reprise de Presidio, base militaire, San Francisco, film de 1988 dans lequel Mark Harmon joue le premier rôle aux côtés de Sean Connery.

Lors de la première saison, le titre original était Navy NCIS. Par la suite, le Naval s'est transformé en N pour devenir NCIS. En effet, les responsables de CBS craignaient que la série ne soit confondue avec la franchise à succès des Experts qui s'intitule en anglais CSI.

Sasha Alexander (Caitlin Todd) signala juste avant la fin de la saison 2 à CBS et à Donald P. Bellisario qu'elle voulait quitter la série. Bellisario créa un suspense, et fit répandre la rumeur qu'à la fin de la saison 2, quelqu'un du NCIS mourrait dans l'équipe de Gibbs. Cependant, personne ne savait qui mourrait, même pas les acteurs et ce, jusqu'à la diffusion du dernier épisode de la saison 2, où plusieurs scènes de fin alternatives furent tournées. Le personnage de Sasha Alexander fut tué, lui permettant de quitter la série.

La série a dévoilé des coïncidences avec le passé de Michael Weatherly (Antony DiNozzo) : il fut déshérité par son père comme dans la série car il quitta l'université pour devenir acteur, malgré le désaccord paternel.

En mai 2007 Donald P. Bellisario quitte définitivement la production de NCIS: Enquêtes spéciales. Quitter est un bien grand mot, en fait il est viré par CBS, qui tranche ainsi pour garder Mark Harmon, la star de la série, excédée par le gestion chaotique de Bellisario. Harmon menaçait de quitter la série.

Les bureaux du NCIS sont situés à Washington, mais la série est elle tournée à Santa Clarita, en Californie.

Dans l'épisode 6 de la Saison 1 (Trafic en haute mer), les plans à l'intérieur de l'hélicoptère de secours ont été tournés pendant un véritable sauvetage de la "Royal Australian Navy" : celui du navigateur britannique Tony Bullimore, qui fut en 1997, l'un des naufragés du "Vendée Globe".

Dans l'épisode 4 de la Saison 6 (Retrouvaille), Gibbs retourne dans sa ville natale pour y mener une enquête. Sa jeunesse est retracée sous forme de flashbacks et l'acteur qui joue Gibbs jeune n'est autre que Sean, le fils de Mark Harmon. C'est la première apparition de Sean Harmon en tant qu'acteur.

Dans l'épisode 23 de la Saison 3 (Hiatus), le personnage incarné par Michael Weatherly, Tony, fait remarquer à propos d'une jeune femme qu'elle est belle mais sans pour autant ressembler à Jessica Alba. Durant un temps, Michael Weatherly fut fiancé à Jessica Alba et lui donna même la réplique dans Dark Angel.