Le capitaine Albator est le capitaine de l'Atlantis, vaisseau créé par Toshirô son plus fidèle ami. C'est d'ailleurs l'esprit de Toshiro qui anime l'ordinateur central (voir Albator 84). Respecté par ses adversaires il est également très craint. Lors de l'arrivée sur Terre des Sylvidres, il sera le seul à les considérer comme une menace pour l'espèce humaine. Il devra lutter à la fois contre ces femmes végétales, contre le gouvernement de la Terre et sauver la petite Stellie, fille de Toshirô et Emeraldas. Albator avait promis à Toshiro que Stellie serait élévée sur Terre.
Stellie est la  fille d'Esmeraldas et de Toshirô. A de la mort de ce dernier, Albator a juré qu'elle serait élevée sur la Terre. Albator lui offrit un ocarina à l'âge de 7 ans, instrument qu'elle maîtrise à merveille. Cet ocarina a un énorme pouvoir : en effet, l'ordinateur central de l'Atlantis animé par l'esprit de Toshirô peut repérer sa musique n'importe où dans l'espace. Cette propriété sauvera plusieurs fois Stellie d'une mort certaine.
Ramis est un jeune homme qui assiste à l'assassinat de son père par les Sylvidres. Recueilli par Albator, il intègre l'équipage de l'Atlantis. De caractère très dynamique, son courage et sa fougue compensent son inexpérience et son impatience à combattre.
La femme pirate, de son vrai nom Emeraldas, elle est la mère de la petite Stellie.
Nausicâa : officier supérieur de l'Atlantis, elle est très utile à l'Atlantis (voir également Albator 84).
L'équipage est composé de Clio la compagne d'Albator, d'Alfred le mécano, Suzanne la cuisinière et du docteur Zéro le médecin. Mais attention, la version française a fait une grossière erreur : Alfred n'est pas Alfred. Dans Albator 84, Alfred est Toshirô le constructeur du terrible Atlantis. Dans Albator 78, les français ont donné au mécano d'Albator le nom d'Alfred mais ce n'est pas Toshirô. Cet Alfred est passionné de maquettes et il sera toujours sans voix devant le génie "d'Alfred Toshirô".
Les Sylvidres  sont des femmes végétales possédant une science que les terriens ne connaissent pas.  Leur particularité est que lors de leur mort, elles brûlent comme du papier.  Leur Reine est Sylvidra. Ses relations avec Albator sont ambigues, il est son pire ennemi mais elle le respecte. Sylvidra possède une particularité : un organisme sanguin, ce qui la différencie de ses congénères.
Vilak est le Gouverneur de la Terre lors de l'arrivée des Sylvidres, il considère Albator comme un renégat. Se servant de la petite Stellie pour attirer Albator dans des pièges, il sera vite dépassé par l'invasion Sylvidre. Personnage avec un mauvais caractère, ayant causé de nombreux problèmes, il se repentira en donnant sa vie pour sauver la petite Stellie.